A. P. Møller Skolen er størrelsesmæssigt set 15.000 kvadratmeter under tag på et grundstykke, der er ca. 100.000 kvadratmeter stort, bl.a. med direkte adgang til fjorden.

Udendørsarealerne giver plads til idræt, leg og læring med klatrevægge, skateboardbane, minifodboldbaner, basketballbaner, bordtennis, udendørs klasseværelser, grillplads og skolehave.
Den direkte adgang til fjorden betyder, at skolen tilbyder kajakundervisning og anvender en motoriseret gummibåd i forbindelse med miljøundersøgelser på vandet. Endelig skal udendørsscenen foran den store sydvendte trappe nævnes. Ved siden af den finder man stenborde, der kan bruges af naturvidenskab og kunst.

Indendøre er skolen overordnet set inddelt i to store rum, et mod nord og et mod syd. Idrætshallen, i den nordlige del af huset, kan deles i tre. Den byder - ligesom resten af huset - på glimrende akkustik samt en tribune, som kan trækkes ud af væggen.

Rummet mod syd er inddelt således, at vi nederst, ved siden af kantine og aula, finder naturvidenskabslokalerne og geografi, bl.a. med et særligt rum og lager kun til brug for naturvidenskabslærerne. På første sal finder vi 7. til 10. klasse, mens gymnasiets klasser holder til på anden sal. På første og anden sal finder vi fællesskolens og gymnasiets klasser inklusive faglokaler for musik og ressourcecentret.

Klasserummene er alle udstyret med digitale tavler samt whiteboards. Ny og gammel teknologi optræder således sammen og giver læreren rig mulighed for at udfolde sig.

Alle tre etager giver mulighed for samspil mellem klasserum og fællesarealer, idet der er let adgang til åbne områder i bygningen, hvor man kan arbejde sammen; der er således givet gode muligheder for en sekvenseret, varieret undervisning. 

På første sal, i centrum af huset, finder vi videncenteret, hvor der foretages bogudlån i klassesæt, men også privat hjemlån fra skolens velassorterede bibliotek. Over bibliotek og aula hænger Olafur Eliassons kunstværk "Tellurium", en smuk fremstilling af solsystemet.

Festsalen stikker ud mod vest og giver en pragtfuld udsigt ind mod Slesvigs centrum og domkirken. Festsalen bruges især til prøvesal, koncert- og foredragssal. Her finder man bl.a. et stort biograflærred. Faglokalerne til musik, kunst, hjemkundskab med mere er velindrettede; de ligger i stuen og på første sal.

Til lærerne står der foruden et fitnessrum også arbejdspladser til rådighed i lærerloungen samt i flere andre rum. Det vestvendte lærerværelse med sin udendørsterrasse er både flot og praktisk; også her er der - som alle andre steder i bygningen - trådløs forbindelse til internettet.  

Busserne holder lige ved døren, og skolen har glimrende parkeringsforhold for ansatte og elever, både til bilister og cyklister. Fra skolen fører en cykelsti direkte ind til Slesvigs centrum (15 min. til fods).